Jurusan Aqidah dan Filsafat Islam didirikan pada tanggal 02 Juni 2002 dengan nama Program Studi Aqidah Filsafat. Hal ini disahkan melalui Surat Ketua Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon Nomor: STA.5/PP.00.9/1120/2002 tanggal 02 Juni 2002 dan Nomor: STA.5/PP.00.9/2001/2002 tanggal 27 September 2002. Setelah itu, Program Studi Aqidah Filsafat diakui secara resmi melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam nomor Dj.II/144/2003 tentang penyelenggaraan program studi Aqidah Filsafat jenjang strata 1 pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon. Program Studi Aqidah Filsafat kemudian berubah nomenklaturnya menjadi Filsafat Agama melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2886 tanggal 19 Mei tahun 2015 sesuai dengan permohonan dari Rektor Institut Agama Islam Negeri Syekh Nurjati Cirebon Nomor In.14/R/PP.00.9/0835.A/2015 tanggal 27 April 2015 tentang penyesuaian nomenklatur Program Studi Aqidah Filsafat menjadi Filsafat Agama. Kemudian, terjadi penyesuaian nomenklatur berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 5251 tahun 2017, Program Studi Aqidah Filsafat berubah menjadi Aqidah dan Filsafat Islam.
Selama ini, Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam sudah melaksanakan dua kal visitasi oleh Assesor BAN-PT (Badang Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi) yaitu pertama, akreditasi dengan nilai ”B” yang berlaku sejak tanggal 18 Oktober 2012 – 18 Oktober 2017. Akreditasi kedua mendapatkan nilai ”A” yang berlaku mulai tanggal 27 Desember 2017 – 27 Desember 2022. Kemudian Prodi AFI mendapat akreditasi unggul yang berlaku sejak tanggal 19 April 2022–27 Desember 2022 dan diperpanjang sampai 28 Desember 2023.