Program Pascasarjana Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syekh Nurjati Cirebon merupakan alih status dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon, berdasarkan Peraturan Presiden RepublikIndonesiano. 48 tertanggal 10 Nopember tahun 2009. IAIN sebagai lembaga pendidikan tinggi Islam, telah lama berkiprah dalam melahirkan sarjana dan intelektual muslim yang memiliki kompetensi dalam penguasaan ilmu-ilmuagama Islam. Sejak lembaga perguruan tinggi inididirikan pada tahun 1965, berbasis Fakultas Tarbiyah filial dari IAIN Syarif HidayatullahJakarta, kemudian menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Gunung Jati Bandung cabang Cirebon pada tahun 1976, dan berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) pada tahun 1997, telah menjadi pusat pengembangan ilmu agama yang melahirkan para sarjana pendidikan Islam. Pendirian Program Pascasarjana IAIN Syekh Nurjati Cirebon tidak dapat dipisahkan dari sejarah panjang yang mengalami proses perubahan selaras dengan perkembangan zaman dan rasionalisasi Kementrian Agama, mengikuti tuntutan kebutuhan pendidikan strata lanjut. Keharusan para pendidik yang bergelar sarjana strata satu (S-1) untuk menjadi magister strata dua (S-2), bahkan mungkin bagi para dosen yang harus mengejar strata tiga (S-3) untuk mencapai gelar doktor, maka gagasan dan motivasi membuka program pascasarjana semakin kuat. Dengan potensi para dosen IAIN yang telah menjadi guru besar dan para dosen yang telah mencapai gelar doktor, motivasi untuk merealisasikan gagasan berdirinya program pascasarjana semakin dekat.

Berdasarkan latar belakang dan prosesnya, pendirian program pascasarjana merupakan obsesi seluruh sivitas akademika IAIN Cirebon, yangsudah tertuang dalam Rencana Induk Pengembangan (RIP) dan Master Plan IAIN Cirebon Tahun 1994/1995-2018/ 2019, dan mendapatdukungan penuh dari Senat dan segenap civitasakademikaIAIN Cirebon. Dalam rentang waktu yang panjang, berbagai upaya telah dilakukan untuk dapat memenuhi ketentuan-ketentuan yang berlaku bagi pendirian program pascasarjana. Upaya-upaya rintisan telah pula dilakukan, di antaranya dengan mengadakan bimbingan calon mahasiswa program pascasarjana pada tahun 1998-2001, yang diselenggarakan oleh Panitia Persiapan Pendirian Program Pascasarjana STAIN Cirebon. Bersamaan dengan itu, Panitia tersebut melakukan studi kelayakan atas berbagai potensi yang dimiliki STAIN Cirebon, mempelajari kekuatan dan kelemahan, peluang dan tantangannya, serta kondisi-kondisi strategis Cirebon, bahkan Jawa Barat dan sekitarnya. Hasil kajian itu dituangkan dalam Proposal Pendirian Program Pascasarjana STAIN Cirebon, selanjutnya disampaikan kepada Menteri Agama Republik Indonesia. Selain itu, dalam rangka memenuhi tuntutan objektif terhadap kebutuhan pendidikan program pascasarjana (S-2) di kalangan dosen, guru, dan karyawan di wilayah III Cirebon, maka dijalin kerjasama dengan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Gunung Djati Bandung pada tahun 2001-2003, dan dengan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) pada tahun 2004-2005 untuk dapat menyelenggarakan perkuliahan program pascasarjana di kampus STAIN Cirebon yang mengundang banyak peminat.

Akhirnya, ikhtiar panjang itu berbuah hasil, dengan lahirnya Keputusan Dirjen Kelembagaan Agama Islam Nomor 476 Tahun 2004 tanggal 28 Desember 2004 tentang Pendirian Program Pascasarjana STAIN Cirebon. Atas dasar keputusan itu, maka pada Tahun Akademik 2005/2006 STAIN Cirebon yang sejak Januari 2010 berubah status menjadi IAIN Syekh Nurjati, secara resmi mulai membuka Program Pascasarjana, dengan Program Studi Pendidikan Islam, konsentrasi Manajemen Pendidikan Islam (MPI), Psikologi Pendidikan Islam (PPI), dan Pendidikan Agama Islam (PAI). Berbarengan dengan itu, Program Pascasarjana IAIN Syekh Nurjati membuka juga Program Studi Syari’ah, konsentrasi Perdata Islam dan Hukum Bisnis Islam.